Der Ortsname Fridingen wird erstmals in einer Urkunde des Jahres 861 erwähnt, als ein Gutsherr namens Plionunc verschiedene Güter in Beuron, Fridingen und Buchheim dem Kloster St. Gallen übereignete. Auch von einer Kirche in Fridingen ist dabei bereits die Rede.
Die Siedlung als solche ist sicher viel älter, eine alamannische Gründung wohl des 5. Jahrhunderts, wobei der Ortsname die Erinnerung an den Ortsgründer bewahrt: „Fridingen“ bedeutet nämlich nichts anderes als „bei den Leuten des Frido“. Die tatsächliche Besiedlungsgeschichte beginnt aber schon sehr viel früher.
Fridingen gehört zu den archäologisch interessantesten Orten im Land. Zu nahezu jeder frühgeschichtlichen Epoche sind innerhalb des Gemeindegebiets bemerkenswerte oder sogar spektakuläre Funde gemacht worden.
Ein Fundort von europäischer Bedeutung ist die Jägerhaushöhle. Ausgrabungen in den Jahren 1964 bis 1967 haben ergeben, dass umherschweifende Jägergruppen der mittleren Steinzeit (Mesolithikum) zwischen etwa 8000 und 5000 v. Chr. die Höhle immer wieder sporadisch als Behausung benutzt haben.
Bekannt geworden ist Fridingen nicht zuletzt auch durch das 1971 jenseits der Donau in der Flur Spital systematisch ausgegrabene alamannisches Gräberfeld. 306 Gräber mit insgesamt 337 Bestattungen konnten dabei untersucht werden. Die zahlreichen Fundstücke (vor allem Schmuck und Waffen), die wertvolle Einblicke in die Lebenswelt unserer frühmittelalterlichen Vorfahren ermöglichen, befinden sich teils im Fridinger Museum, teils im Württembergischen Landesmuseum Stuttgart.
Die fünf Jahrhunderte zwischen der urkundlichen Ersterwähnung 861 und der ersten Nennung Fridingens als Stadt 1372 sind wiederum in geschichtliches Dunkel gehüllt. Eine erste planmäßige Stadtgründung hat wohl schon Mitte des 13. Jahrhunderts nicht an der Stelle der heutigen Altstadt, sondern auf der Buchhalde in Altfridingen stattgefunden.
Diese erste Stadtanlage, an die heute nur noch Geländespuren erinnern, war eine erweiterte Vorburg zu einer von den Grafen von Hohenberg gegründeten Burg. Anlass für die Gründung des Burgstädtchens auf der Höhe waren strategische Gesichtspunkte: Hier sollte ein Gegengewicht gegen die unmittelbar benachbarte zollerische Burgstadt Mühlheim gesetzt werden. Bereits im frühen 14. Jahrhundert entspannte sich aber das Verhältnis zwischen den Grafen von Hohenberg und ihren Konkurrenten, den stammesverwandten Grafen von Zollern.
Ökonomische Gesichtspunkte und die Sorge um die Sicherung des Donauübergangs für die verkehrspolitisch wichtige Straße von der Südwestalb zum Bodensee führten dann bereits um 1300 zur planmäßigen Gründung der heutigen Stadt Fridingen am Donauufer. In den Mauerring der neuen Stadtgründung einbezogen wurden die alte Pfarrkirche St. Martin und damit vermutlich auch Teile des bisherigen Dorfes Fridingen, sowie eine wahrscheinlich ebenfalls neu errichtete Wasserburg an der Stelle des heutigen Ifflinger Schlosses.
Die letzten Bewohner scheinen Altfridingen aber erst im frühen 15. Jahrhunderts endgültig verlassen zu haben; rund ein Jahrhundert lang haben demnach in Fridingen zwei Burgstädte nebeneinander bestanden. Altfridingen bildet heute eine der ganz wenigen mittelalterlichen Stadtwüstungen im Lande und steht als archäologisches Reservat unter besonderem Schutz.
Dem Fridinger Altstadtkern ist bis heute die planmäßige Gründung im Mittelalter anzusehen. Pfarrkirche und Burg markierten die südöstliche bzw. nordwestliche Ecke einer insgesamt rechteckigen Ummauerung. Die ursprüngliche Parzellierung innerhalb des Mauerrings ist trotz vielfältiger baulicher Veränderungen über die Jahrhunderte hinweg in den Grundzügen noch immer ablesbar. Die Durchgangsstraße verband das an der Westseite eingelassene Untere Tor mit dem Oberen Tor an der Nordseite, vier weitere Gassen erschlossen das übrige Areal der dicht bebauten Stadt.
1381 fiel Fridingen zusammen mit der Grafschaft Hohenberg an das Haus Österreich. Das Städtchen besaß bis ins 17. Jahrhundert eine herausgehobene Bedeutung als Amtsstadt bzw. als Sitz des österreichischen Obervogts für die Grafschaft Oberhohenberg. 1688 verlor Fridingen diese Eigenschaft an das zentraler gelegene und wirtschaftlich prosperierende Spaichingen.
Als ein Relikt der einstigen Zentralfunktion blieb Fridingen immerhin bis ins 19. Jahrhundert hinein Sitz der Hauptlade der oberhohenbergischen Handwerkerzünfte, wobei auch die Handwerker aus den benachbarten Herrschaften Kallenberg, Beuron und Werenwag zum Fridinger Zunftbezirk gehörten.
Neben dem auf den örtlichen Bedarf ausgerichteten Kleinhandwerk bildete der Hauptwirtschaftszweig in Fridingen bis ins frühe 20. Jahrhundert hinein die Landwirtschaft. Die typischen „Ackerbürgerhäuser“, die das Bild der Fridinger Altstadt bis heute prägen, sind Zeugnisse dieser Geschichte einer letztlich rein herrschaftspolitisch motivierten Stadtgründung.
1805 gelangte Fridingen zusammen mit der österreichischen Grafschaft Hohenberg an Württemberg, seit 1817 gehört die Stadt zum Oberamt bzw. Landkreis Tuttlingen.
Fridingen besitzt seit langem den Ruf eines Künstlerstädtchens, denn seit der Barockzeit bis heute war und ist Fridingen nicht nur Herkunftsort, sondern häufig auch Wirkungsstätte für eine erstaunliche Anzahl von Künstlern und Kunsthandwerkern, beispielsweise die beiden Orgelbauer Leopold Spiegel (1680-1730) und Hieronymus Spiegel (1699-1779) oder die Künstlerfamilie Zoll mit dem Bildhauer und Maler Franz Josef Zoll (1710-1774) und seinen Söhnen, dem Freskenmaler Franz Josef Zoll (Soll) (1734-1798), einem Hauptmeister des Chiemgauer Rokoko, und dem Maler und Bildhauer Conrad Zoll (1743-1807).
Im 20. Jahrhundert waren es neben dem hauptsächlich in München tätigen Kunstmaler Alfons Epple (1899-1948), einem Landschaftsmaler des expressiven Realismus, vor allem die Mitglieder der Künstlerfamilie Bucher, die Fridingen erneut den Ruf eines „Künstlernests“ eingetragen haben.
Franz Xaver Bucher (1899-1959) wurde als virtuoser Zeichner bekannt, der Landschaftsmaler Hans Bucher (1929-2002) darf wohl als der Donautal-Maler schlechthin bezeichnet werden. Der Bildhauer Willi Bucher (* 1943), hat sich vor allem mit seinen Installationen aus Holzlarven weitum einen Namen gemacht.